En cuartos de final terminó la participación de Junior en la Copa Sudamericana 2020 y lo más rescatable estuvo en los goles que logró Miguel Borja. Récord en la historia del club en el certamen.
Junior jugó 3 rondas. En la primera superó a Plaza Colonia (Uruguay). La segunda la ganó venciendo por penaltis a Unión La Calera y en la tercera quedó eliminado por el ítem del gol visitante ante Coquimbo Unido. En esas últimas dos contó con goles de Miguel Borja.
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En el cierre del año se vio la mejor versión del atacante que llegó desde Palmeiras en busca de cumplir el sueño de vestir la camiseta de Junior. Terminó haciéndolo de la mejor manera. En el último juego del año hizo un tanto de penalti. El triunfo del cuadro barranquillero visitando a Coquimbo Unido fue posible con ese gol de Miguel Borja a los 2 minutos.
Así se despidió del certamen con 4 goles en 6 partidos y se convirtió en el hombre que más tantos anotó con Junior en una misma edición de la Copa Sudamericana. Superó las cifras de Roberto Ovelar (2016), Luis Díaz (2018) y Teófilo Gutiérrez (2018) en las que marcaron 3 veces.
Ahora el récord de goles en una edición de Copa Sudamericana con la camiseta de Junior es de Miguel Ángel Borja, que en 2019 les anotó a Unión La Calera y Coquimbo Unido en cada uno de los partidos en que los enfrentó. 4 juegos, 4 goles que pasan a ser lo mejor del cuadro barranquillero en el certamen.
Miguel Borja, además, pasó a ser el cuarto jugador que anota 20 o más goles en una misma temporada con Junior en el Siglo XXI. Cerró el año con 20 tantos en 36 compromisos (1 en Superliga, 14 en Liga, 1 en Copa Libertadores y 4 en Sudamericana). Queda por debajo de Carlos Bacca (32 en 2011) y Teo Gutiérrez (31 en 2009); e iguala a Roberto Ovelar (20 en 2015).
