Su sentido de pertenencia y entrega por Atlético Nacional convirtieron a Macnelly Torres en un referente e ídolo para la afición. El volante tuvo tres periodos en el Verde: en 2011-I, de 2012-I, cuando regresó del balompié mexicano, a 2013-I y de 2015-II a 2018-I.
Con el elenco antioqueño, el barranquillero celebró los títulos de Liga 2011-I, 2013-I, 2015-II y 2017-I, así como los de Copa Colombia 2012 y 2016, de Superliga 2012 y 2016, de Copa Libertadores 2016 y de Recopa Sudamericana 2017.
A Junior FC, Macnelly Torres lo ayudó a conquistar la Liga 2004-II y a Cúcuta Deportivo, la Liga 2006-II.
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El comentarista Ricardo Henao Calderón le consultó al mediocampista acerca del «equipo que se quedó definitivamente en el corazón» y su elección se basó en el cariño que recibió de parte de los seguidores del Rey de Copas:
«Para mí, lo vivido en Atlético Nacional fue lo más importante en mi carrera. Independiente de todo lo que gané ahí, el trato que me dieron fue de lo mejor que me pasó en mi carrera».
Sin embargo, el exjugador de la Selección Colombia aclaró que también está muy agradecido con el Tiburón y el Motilón: «El Junior fue donde debuté e hice mis primeros partidos a nivel profesional (…) El Cúcuta para mí fue ese trampolín para ir al fútbol del exterior».
Además, el multicampeón con el Verdolaga confesó que «yo fui hincha del Junior desde niño».
