Fue en 2019 y 2020 cuando Atlético Nacional le encargó el cuadro principal al DT en el que ahora vuelve a confiar. En ese entonces lo hizo cerrando los ciclos de Paulo Autuori y Juan Carlos Osorio. Cuando ellos se fueron, Alejandro Restrepo quedó a cargo. En el par de experiencias alcanzó a dirigir 9 partidos y tiene una victoria que el club obtuvo en el escritorio por la exclusión de Cúcuta Deportivo de la Liga BetPlay.
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En total y sin contar ese compromiso, Alejandro Restrepo dirigió a Atlético Nacional en 9 compromisos entre Liga, Copa BetPlay y Copa Sudamericana. Con él al mando se lograron 5 victorias y un empate. Fueron 3 empates. Así que tuvo un rendimiento del 59%.
Alejandro Restrepo en esas experiencias al frente del cuadro principal de Atlético Nacional tuvo a cargo a jugadores que se mantienen en el plantel verdolaga como: Bryan Rovira, Sebastián Gómez, Vladimir Hernández, Andrés Andrade, Yerson Candelo, Baldomero Perlaza, Déinner Quiñones, Yerson Mosquera, Jéfferson Dique, Jarlan Barrera y Aldair Quintana.
Los partidos de Alejandro Restrepo como DT de Atlético Nacional
- Deportivo Cali 0-1 Atlético Nacional (Daniel Bocanegra).
- Atlético Nacional 1-0 Fluminense (Hernán Barcos).
- Deportes Tolima 2-1 Atlético Nacional (Marco Pérez y Álex Castro; Pablo Ceppelini).
- Atlético Nacional 2-3 Junior (Aldo Leao Ramírez y Vladimir Hernández; Luis Narváez, Teo Gutiérrez y Sebastián Hernández).
- Atlético Nacional 1-0 Deportivo Pasto (Baldomero Perlaza).
- Alianza Petrolera 2-3 Atlético Nacional (Andrés Sarmiento y Yerson Candelo -autogol-; Yerson Mosquera, Jéfferson Duque y Andrés Andrade).
- Atlético Nacional 3-0 Cúcuta Deportivo * triunfo en el escritorio.
- Águilas Doradas 2-2 Atlético Nacional (Mateo Puerta y Jader Obrian; Fabián González Lasso y Jarlan Barrera).
- América de Cali 1-2 Atlético Nacional (Adrián Ramos; Jéfferson Duque x 2).
- Atlético Nacional 0-3 América de Cali (Duván Vergara y Adrián Ramos x 2).