En 2017, después de jugar en México, Jéfferson Duque volvió al fútbol colombiano. Fue fichado por Deportivo Cali y terminó jugando la final de la Liga ante Atlético Nacional, dejando una imagen para el recuerdo.
En aquel entonces fueron 3 los duelos que el atacante tuvo ante el cuadro verdolaga. En la fase Todos contra Todos del 2017-1 fue un empate sin goles en el estadio de Deportivo Cali. Los que vinieron fueron los duelos de la final. En los 3 fue titular y terminó marcando un par de goles. Ambos fueron en la última fase.
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El juego de ida se jugó en territorio vallecaucano. Se cerró con triunfo por 2-0 con goles de Germán Mera y Jéfferson Duque. Ese día el atacante también erró un penalti. A los 20 minutos y con el duelo 0-0 se hizo cargo. Alexis Henríquez lo había derribado. Enfrentó a Franco Armani en un mano a mano y falló. Estrelló el balón contra el travesaño. Después se resarció con el gol que cerró en el marcador.
Quedaba el partido de vuelta y ahí volvió a ser protagonista. Regresó al Atanasio, ahora como rival de Atlético Nacional. ¡Qué raro! A los 16 minutos el local ya ganaba 2-0 (goles de Macnelly Torres y Matheus Uribe). Jéfferson Duque descontó. Marcó a los 20. ¡Era un gol que volvía a poner a Deportivo Cali en ventaja en la final! Él decidió no festejarlo. Terminó haciéndole un gesto de perdón a la afición.
Ese partido terminó 5-1 a favor de Atlético Nacional. Se coronó campeón ante el Deportivo Cali que tuvo a Jéfferson Duque los 90 minutos. Ahora es el cuadro verdolaga el que cuenta nuevamente con él. Lo tiene como principal referencia en la escuadra con la que buscará llegar a la final de la Copa BetPlay enfrentando al cuadro verdiblanco.
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