La historia de Atlético Nacional en la Conmebol Libertadores 2019 terminó en la fase 3, de donde lo eliminó el Club Libertad. El Verde cayó ante el Gumarelo en los lanzamientos desde el punto penal.
En esa definición, el Rey de Copas perdió 4–5 con el conjunto paraguayo en el estadio Atanasio Girardot, debido a que Daniel Bocanegra fue el único jugador del partido que no convirtió y el arquero José Fernando Cuadrado no atajó ningún chute. Pablo Ceppelini, Jeison Lucumí, que además marcó el gol que prolongó el encuentro a los penaltis (33′), Hernán Barcos y Juan Pablo Ramírez no fallaron sus cobros.
En los 180 minutos de la serie, Atlético Nacional empató 1–1 con el Club Libertad (cada equipo ganó 1–0 en condición de local).
Así se resolvió la clasificación al grupo H entre el Verde y el Gumarelo:
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